Uma estrutura holística para padronizar experimentos de modelos de predição clínica em dados de UTI e prontuários eletrônicos (EHR).
Padronize experimentos de aprendizado de máquina clínico em múltiplos conjuntos de dados de UTI e tarefas de predição.
O YAIB (Yet Another ICU Benchmark) é uma estrutura em Python projetada para padronizar experimentos de aprendizado de máquina clínico usando dados de Unidade de Terapia Intensiva e Prontuários Eletrônicos. Ele é adequado para pesquisadores e cientistas de dados que trabalham com modelagem preditiva em conjuntos de dados multicêntricos como MIMIC, eICU, HiRID e AUMCdb.
A estrutura oferece suporte nativo para os principais bancos de dados de UTI e cinco tarefas clínicas padrão, incluindo mortalidade na UTI, lesão renal aguda, sepse, função renal e tempo de internação. Ela opera em arquivos parquet pré-processados e se integra ao PyTorch e PyTorch Lightning para fluxos de trabalho de aprendizado profundo.
É adequado para pesquisadores de aprendizado de máquina e cientistas de dados clínicos que precisam de um pipeline unificado para avaliar modelos preditivos em diferentes bancos de dados internacionais de UTI. Não é adequado para médicos sem experiência em programação ou para quem procura um software de suporte à decisão clínica pronto para uso.
Compatibilidade nativa com os bancos de dados MIMIC-III, MIMIC-IV, eICU-CRD, HiRID e AUMCdb.
Inclui cinco tarefas padrão que cobrem classificação binária e endpoints de regressão, como mortalidade e sepse.
Projetado para operar de forma eficiente em arquivos parquet pré-processados, com geração e carregamento de cache integrados.
Construído sobre o PyTorch 2.0+ e Lightning 2.0+ para aprendizado profundo escalável e experimentação de modelos.
Gratuito sob a licença MIT, sem opções hospedadas pagas disponíveis. O único custo é executá-lo por conta própria e adquirir a infraestrutura de hardware necessária para o treinamento de modelos.
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O YAIB suporta os conjuntos de dados MIMIC-III, MIMIC-IV, eICU-CRD, HiRID e AUMCdb.
Sim, a estrutura foi projetada para permitir que você forneça conjuntos de dados, coortes, tarefas de predição e endpoints personalizados.
Não, o repositório inclui conjuntos de dados de demonstração processados do eICU e MIMIC para que você possa testar os comandos de treinamento imediatamente.
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