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MedicalZooPytorch

Ein PyTorch-Framework für multimodale 2D- und 3D-Segmentierung medizinischer Bilder.

MedicalZooPytorch

PyTorch Deep-Learning-Framework für die 3D-Segmentierung multimodaler medizinischer Bilder

Für immer kostenlos · Open Source · MIT
✓ Light setup✓ Im Browser✓ Echtzeit-Zusammenarbeit
5.1
ZEKAI
Essenzielle PyTorch 3D-Segmentierungsbibliothek
Frei & Open Source · Medizin
Einfache Einrichtung4
Nützlichkeit8
Wartung2
Community6.5
★ 1,920
GITHUB
Jul 2024
AKTUALISIERT
MIT
LIZENZ
🛠 Keine Lust auf Self-Hosting? Wir richten es ein →
⚡ Schnelle Antwort

MedicalZooPytorch ist eine Open-Source-Deep-Learning-Bibliothek für die multimodale 2D- und 3D-Segmentierung medizinischer Bilder. Sie eignet sich für Forscher und Entwickler, die mit Gehirn-MRT-Scans, Challenge-Datensätzen und volumetrischen medizinischen Daten in PyTorch arbeiten.

Läuft auf
Cross-platform
Hosting
Self-host
Sprachen
Python
Lizenz
MIT

Was es ist

Es implementiert standardmäßige 3D-Architekturen wie U-Net3D, V-Net, ResNet3D-VAE und DenseVoxelNet neben Datenladern für Benchmark-Datensätze wie BraTS, iSeg und MRBrains. Das Projekt bietet zudem Vorverarbeitungspipelines, Unterstützung für Konfusionsmatrizen sowie optionale COVID-19-Klassifizierungs- und Segmentierungsmodelle.

Für wen

Es richtet sich an Forscher und Studierende im Graduiertenstudium mit PyTorch-Kenntnissen, die Referenzarchitekturen für die volumetrische medizinische Bildgebung benötigen. Es eignet sich nicht für Ärzte, die ohne Programmierkenntnisse eine sofort einsatzbereite klinische Betrachtungs- oder Diagnosesoftware suchen.

Wichtige Funktionen

Mehrere 3D-Architekturen

Beinhaltet Implementierungen von U-Net3D, V-Net, DenseVoxelNet, HighResNet3D und HyperDense-Net.

Integrierte Datenlader

Bietet Datenlader für die Challenge-Datensätze BraTS 2018/2019, iSeg, MRBrains, IXI und Gleason.

COVID-19-Module

Enthält Modelle und Datenreferenzen für die COVID-19-Röntgenthorax-Klassifizierung und Lungensegmentierung.

Google Colab-Unterstützung

Bietet Quickstart-Notebooks, mit denen Sie Modelle kostenlos auf Cloud-GPUs ausführen können.

Erste Schritte

Startklar in 3 Schritten

1
Klonen Sie das Repository und richten Sie eine Python-Virtuelle Umgebung mit PyTorch ein
2
Laden Sie unterstützte Challenge-Datensätze wie iSeg oder BraTS herunter und konfigurieren Sie die Datenpfade
3
Führen Sie die bereitgestellten Trainingsskripte im Verzeichnis examples aus oder öffnen Sie das Google Colab-Notebook
Klartext

Unser ehrliches Fazit

Stärken

  • Implementiert zehn verschiedene 3D-Deep-Learning-Architekturen von Haus aus
  • Enthält Datenlader für wichtige Challenge-Datensätze wie BraTS und iSeg
  • Bietet sofort einsatzbereite Trainingsskripte für spezifische Benchmarks der medizinischen Bildgebung
  • Beinhaltet Google Colab-Notebooks für hardwarefreies Experimentieren

Schwächen

  • Erfordert Vertrautheit mit Python, PyTorch und Deep-Learning-Workflows
  • Das Training von 3D-Faltungsnetzwerken erfordert erhebliche GPU-Rechenressourcen
  • Das Projekt war aufgrund von Hardware-Beschränkungen mit Entwicklungspausen konfrontiert
  • Die Dokumentation erfordert das Verweisen auf externe akademische Arbeiten und Abschlussarbeiten
Kosten

Preise & Lizenz

Die Software ist unter ihrer MIT-Lizenz kostenlos. Es werden keine kostenpflichtigen gehosteten Optionen von den Betreuern bereitgestellt, sodass Ihre einzigen Kosten die lokale Hardware oder Cloud-GPU-Rechenressourcen sind.

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Fragen

FAQ

Welche Datensätze werden nativ unterstützt?

Das Framework enthält Datenlader für iSeg 2017/2019, MICCAI BraTS 2018/2019, MRBrains 2018, IXI und die MICCAI 2019 Gleason-Challenge.

Kann ich dies ohne lokale GPU ausführen?

Ja, Sie können das bereitgestellte Google Colab-Notebook verwenden, um das Projekt auf einem Cloud-GPU-Gerät auszuführen.

Welches Deep-Learning-Backend wird verwendet?

MedicalZooPytorch basiert vollständig auf PyTorch und erfordert Python.

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